6. 1991 ff. - Die Wiederaufnahme der akademischen Fachausbildung nach der politischen Wende und der Bereich am am Beginn des 3. Jahrtausends
Bereits 1991 konnte die Lehre im Hauptfach Ur- und Frühgeschichte durch Peschel aufgenommen werden. Noch im selben Jahr wurden zwei Promotionen im Fach Ur- und Frühgeschichte an der Friedrich-Schiller-Universität Jena durchgeführt. Im Herbst 1993 wurde Peschel auf eine C3-Professur für Ur- und Frühgeschichte berufen. Bis zu seiner Emeritierung 1999 konnte er im Rahmen des 1991 neu begonnenen Magisterstudienganges neun Studierende im Hauptfach zum Abschluß führen.
Die 1974 von Dr. Dietrich Mania (*1938) gegründete Forschungsstelle Bilzingsleben wurde 1993 infolge des Übergangs des Kreises Artern zum Freistaat Thüringen aus der Verantwortung des Landesmuseums für Vorgeschichte in Halle herausgelöst und der Friedrich-Schiller-Universität angegliedert. Zunächst als wissenschaftlicher Mitarbeiter mit Lehrauftrag in Jena tätig, wurde Dietrich Mania 1995 apl. Professor für Urgeschichte, Quartärgeologie und -paläontologie. Fünf Studierende schlossen ihre Magisterarbeit bei Mania ab.
Von 1990 bis 1993 war Dr. Sven Ostritz als Assistent des Bereichs für Ur- und Frühgeschichte tätig. Die Stelle wurde am 1. Januar 1994 mit Dr. Jan Bemmann neu besetzt.
Im Rahmen des DGF-Schwerpunktprogramms „Romanisierung" wurde der Fundplatz Sülzdorf, Gem. Haina, in Südthüringen mit Jenaer Studierenden in fünf Grabungskampagnen von 1994 bis 1998 untersucht .
Durch den Ausbau der Kellerräume als Magazin konnte die stetig vergrößerte Sammlung eine neue Aufstellung erhalten. Bis 1995 wurde sie - soweit erforderlich - von Hildegund Storch erneut restauriert. Der freigewordene Raum im 1. Geschoß nahm die bis dahin in den Arbeitsräumen der Mitarbeiter verstreute Fachbibliothek auf, deren Bestand durch von der Volkswagen-Stiftung zur Verfügung gestellte Mittel vergrößert werden konnte.
Nach seiner Habilitation im Jahr 2000 wurde Bemmann wissenschaftlicher Oberassistent. Im gleichen Jahr wurde PD Dr. Peter Ettel auf eine C4-Professur und zum Leiter des Bereichs Ur- und Frühgeschichte berufen. Die Grabungstätigkeit konnte im Rahmen von Forschungs-, Lehr- und Rettungsgrabungen intensiviert werden. Dabei wurde mit der Untersuchung der Zentralsiedlung in Karlburg 2002/03 die Jenaer Tradition der Mittelalterarchäologie wieder aufgenommen .
Hildegund Storch übergab Ende 2002 die Sammlung und die Restaurierungswerkstatt an Dipl.-Rest. Nicole Reifarth.
Zum April 2003 wurde PD Dr. Clemens Pasda auf die aus der Forschungsstelle Bilzingsleben hervorgegangene C3-Professur für Urgeschichte berufen und übernahm damit die Weiterführung des Forschungsprojektes Bilzingsleben .